SANTOS PEREIRA, JOSÉ MARÍA

Perfil en ORCID: 0000-0003-3949-0644

Perfil en Scopus: 55928709600\

Grupos de Investigación

• DESARROLLO Y GENOMICA COMPARATIVA

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Proyectos:

• Identificación de la red génica evolutivamente conservada del gen p63 durante el desarrollo ectodérmico de vertebrados ( P12-BIO-396 - Investigador/a).
• Origen de la Inestabilidad Cromosómica Asociada a Defectos en Transcripción y Replicación ( P12-BIO-1238 - Investigador/a).
• Arquitectura del genoma y de la información reguladora durante el desarrollo y la evolución ( BFU2016-74961-P - Investigador/a).
• Inestabilidad Genómica Asociada a Transcripción e Híbridos DNA-RNA ( BFU2013-42918-P - Investigador/a).
• BASES GENETICAS Y MOLECULARES DEL ORIGEN DE LA INESTABILIDAD GENOMICA EN EUCARIOTAS ( P09-CVI-4567 - Investigador/a).
• ROTURAS DE ADN ASOCIADAS A REPLICACIÓN Y REPARACIÓN POR RECOMBINACIÓN DE GENOMAS EUCARIÓTICOS ( BFU2010-16372 - Investigador/a).

Ayudas:

• INESTABILIDAD GENOMICA ( BIO-102 - Investigador/a ).

Publicaciones

Publicaciones en Revistas:

• Tena-Aguilar, Juan Jesús, Santos-Pereira, José María:
  Topologically Associating Domains and Regulatory Landscapes in Development, Evolution and Disease. En: Frontiers in Cell and Developmental Biology. 2021. Vol. 9. Núm. . Pag. 702787- 10.3389/fcell.2021.702787
• Franke, Martin, De La Calle-Mustienes, Elisa, Neto-, Ana, Almuedo, Maria, Irastorza, Ibai, Domínguez -Acemel, Rafael , Tena-Aguilar, Juan Jesús, Santos-Pereira, José María, Gómez-Skarmeta, José Luis:
  CTCF knockout in zebrafish induces alterations in regulatory landscapes and developmental gene expression. En: Nature Communications. 2021. Vol. 12. Núm. 1. Pag. 5415- 10.1038/s41467-021-25604-5
• Gallardo, Lourdes, Santos-Pereira, José María, Tena-Aguilar, Juan Jesús:
  Functional Conservation of Divergent p63-Bound cis-Regulatory Elements. En: Frontiers in Genetics. 2020. Vol. 11. Núm. 339. Pag. - 10.3389/fgene.2020.00339
• Santos-Pereira, José María, Gallardo, Lourdes, Neto-, Ana, Domínguez -Acemel, Rafael , Tena-Aguilar, Juan Jesús:
  Pioneer and repressive functions of p63 during zebrafish embryonic ectoderm specification.. En: Nature Communications. 2019. Vol. 10. Núm. 1. Pag. 3049- 10.1038/s41467-019-11121-z
• Gaillard-, Helene, Santos-Pereira, José María, Aguilera-Lopez, Andres:
  The Nup84 complex coordinates the DNA damage response to warrant genome integrity. En: Nucleic Acids Research. 2019. Vol. 47. Núm. 8. Pag. 4054-4067 10.1093/nar/gkz066
• Santos-Pereira, José María, Muñoz-Galvan, Sandra:
  Biomarkers of colorectal cancer: a genome-wide perspective. En: Cancer Translational Medicine. 2016. Vol. 2. Núm. 6. Pag. 182-188 10.4103/2395-3977.196911
• Gavaldá-Martín, Sandra, Santos-Pereira, José María, Garcia-Rubio, Maria Luisa, Luna-Varo, Rosa Maria, Aguilera-Lopez, Andres:
  Excess of Yra1 RNA-Binding Factor Causes Transcription-Dependent Genome Instability, Replication Impairment and Telomere Shortening. En: PLoS Genetics. 2016. Vol. 12. Núm. 4. Pag. e1005966- doi: 10.1371/journal.pgen.1005966
• Santos-Pereira, José María, Aguilera-Lopez, Andres:
  R loops: new modulators of genome dynamics and function. En: Nature Reviews. Genetics. 2015. Vol. 16. Núm. 10. Pag. 583-597 10.1038/nrg3961
• Santos-Pereira, José María, Garcia-Rubio, Maria Luisa, González-Aguilera, Cristina, Luna-Varo, Rosa Maria, Aguilera-Lopez, Andres:
  A genome-wide function of THSC/TREX-2 at active genes prevents transcription-replication collisions.. En: Nucleic Acids Research. 2014. Vol. 42. Núm. 19. Pag. 12000-12014
• Santos-Pereira, José María, Herrero, Ab, Moreno, Sergio, Aguilera-Lopez, Andres:
  Npl3, a new link between RNA-binding proteins and the maintenance of genome integrity. En: Cell Cycle. 2014. Vol. 13. Núm. 10. Pag. 1524-1529
• Santos-Pereira, José María, Herrero, Ab, Garcia-Rubio, Maria Luisa, Marin-Rodriguez, Antonio, Moreno, Sergio, Aguilera-Lopez, Andres:
  The Npl3 hnRNP prevents R-loop-mediated transcription-replication conflicts and genome instability.. En: Genes & Development. 2013. Vol. 27. Núm. 22. Pag. 2445-2458
• Castellano-Pozo, Maikel, Santos-Pereira, José María, García-Rondón, Ana, Barroso-Ceballos, Sonia Ines, Andujar-Pulido, Eloisa, Pérez-Alegre, Mónica, Garcia-Muse, Tatiana, Aguilera-Lopez, Andres:
  R loops are linked to histone H3 S10 phosphorylation and chromatin condensation.. En: Molecular Cell. 2013. Vol. 52. Núm. 4. Pag. 583-590

Aportaciones a Congresos:

• Santos-Pereira, José María, Gallardo, Lourdes, Neto-, Ana, Domínguez -Acemel, Rafael , Tena-Aguilar, Juan Jesús:
  Roles of p63 during ectoderm specification. Ponencia en Congreso. International p53/p63/p73 Isoforms Workshop. Dubrovnik , Croatia. 2019
• Moreno-Pérez, Antonio Javier, Santos-Pereira, José María, Troncoso-Ponce, Manuel Adrián, Garcés-Mancheño, Rafael, Salas-Liñán, Joaquín Jesús, Gómez-Skarmeta, José Luis, Tena-Aguilar, Juan Jesús, Martínez-Force, Enrique:
  Genome-wide mapping of histone H3 lysine 4 trimethylation (H3K4me3) in Helianthus annuus developing seeds.. Poster en Congreso. 17th Euro Fed Lipid Congress and Expo. ¿Oils, Fats and Lipids: Driving Science and Technology to new Horizons¿. Seville, Spain. 2019
• Santos-Pereira, José María, Domínguez -Acemel, Rafael , Gómez-Skarmeta, José Luis, Tena-Aguilar, Juan Jesús:
  Uncovering novel targets for p63-related hereditary malformations. Poster en Congreso. Gene-Regulatory Systems in Development. Carmona (Sevilla). 2017
• Santos-Pereira, José María, Tena-Aguilar, Juan Jesús:
  Uncovering novel therapeutic targets for p63-related hereditary malformations. Poster en Congreso. 11th Meeting Spanish Society for Developmental Biology (SEBD). Girona, España. 2016
• Gavaldá-Martín, Sandra, Garcia-Rubio, Maria Luisa, SALAS-ARMENTEROS, IRENE, Santos-Pereira, José María, Luna-Varo, Rosa Maria, Aguilera-Lopez, Andres:
  Coordinated action of RNA-binding factors and chromatin remodeling in genome function and dynamics. Ponencia en Congreso. EMBO Conference Series: Gene Transcription in Yeast: From chromatin to RNA and back. San Feliu de Guixols, España. 2016
• Gaillard-, Helene, Santos-Pereira, José María, Aguilera-Lopez, Andres:
  New roles for the yeast Nup84 complex in nucleotide excision repair and replication of damaged DNA. Comunicación en congreso. Gordon Research Conferences: Mechanisms of Mutagenesis and Genome Alterations. Girona, España. 2016
• Santos-Pereira, José María, Tena-Aguilar, Juan Jesús:
  Uncovering novel therapeutic targets for p63-related hereditary malformations. Poster en Congreso. Workshop "Steps towards personalized therapy: functional genomics, genetic screenings and animal models". Baeza, BAEZA (JAÉN) UNIVERSIDAD INTERNACIONAL DE ANDALUCÍA (UNIA). 2016
• Santos-Pereira, José María:
  Uncovering novel therapeutic targets for p63-related hereditary malformations. Ponencia en Congreso. Workshop "Steps towards personalized therapy: functional genomics, genetic screenings and animal models". Baeza, BAEZA (JAÉN) UNIVERSIDAD INTERNACIONAL DE ANDALUCÍA (UNIA). 2016
• Gaillard-, Helene, Santos-Pereira, José María, Aguilera-Lopez, Andres:
  New roles for the yeast Nup84 complex in nucleotide excision repair and replication of damaged DNA. Ponencia en Congreso. DINGO Days: Replication stress, genetic instability and cancer. Paris, Francia. 2016
• Castellano-Pozo, Maikel, Herrera-Moyano, Emilia, Garcia-Rubio, Maria Luisa, Mergui-, Xenia, Santos-Pereira, José María, Barroso-Ceballos, Sonia Ines, García-Rondón, Ana:
  Chromatin structure as a mediator of transcription and R-loop associated recombination. Comunicación en congreso. 12th European Conference on Fungal Genetics. . 2014
• Santos-Pereira, José María, Garcia-Rubio, Maria Luisa, González-Aguilera, Cristina, Luna-Varo, Rosa Maria, Aguilera-Lopez, Andres:
  A genome-wide function of THSC/TREX-2 at active genes prevents transcription-replication collisions. Poster en Congreso. RNA MEETS DNA: ON THE ROAD TO GENOME INSTABILITY. . 2014
• Castellano-Pozo, Maikel, Felipe-Abrio, Irene, Garcia-Rubio, Maria Luisa, LAFUENTE-BARQUERO, JUAN FRANCISCO, Santos-Pereira, José María, Garcia-Muse, Tatiana, Aguilera-Lopez, Andres:
  Replication impairment as a source of transcription and R-loop-associated recombination. Comunicación en congreso. Albany 2013: The 18th Conversation. Biomolecular Structure and Dynamics. Albany, NY, USA. 2013
• Felipe-Abrio, Irene, Garcia-Rubio, Maria Luisa, LAFUENTE-BARQUERO, JUAN FRANCISCO, Santos-Pereira, José María, Aguilera-Lopez, Andres:
  Replication impairment as a source of transcription and R-loop-associated genome instability. Comunicación en congreso. Workshop ¿Celebrating the 50th anniversary of the replicon theory. Paris, Francia. 2013
• Santos-Pereira, José María, Herrero, Ab, Garcia-Rubio, Maria Luisa, Marin-Rodriguez, Antonio, Moreno, Sergio, Aguilera-Lopez, Andres:
  A new role for NpI3 hnRNP preventing genome instability. Poster en Congreso. UNIA ¿ The regulatory roles of ncRNA. Baeza, España. 2013
• Castellano-Pozo, Maikel, Herrera-Moyano, Emilia, Garcia-Rubio, Maria Luisa, Mergui-, Xenia, Santos-Pereira, José María, Barroso-Ceballos, Sonia Ines, García-Rondón, Ana, Garcia-Muse, Tatiana, Aguilera-Lopez, Andres:
  Chromatin structure as a mediator of transcription and R-loop associated recombination. Comunicación en congreso. FASEB Science Research Conferences on Genetic Recombination and Genome Rearrangements. Steamboat Springs, CO, USA. 2013
• Santos-Pereira, José María, Aguilera-Lopez, Andres:
  EXPLORING THE ROLE OF THE NUP84 SUBCOMPLEX IN THE MAINTENANCE OF GENOME INTEGRITY. Ponencia en Congreso. 25TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON YEAST GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY () (.2011.POLONIA). POLONIA. 2011
• Santos-Pereira, José María, Aguilera-Lopez, Andres:
  NUEVAS CONEXIONES ENTRE LA EXPRESIÓN GÉNICA Y LA REPARACIÓN DE ROTURAS CROMOSOMICAS EN SACCHAROMYCES CEREVISIAE. Poster en Congreso. XXXVII CONGRESO DE LA SOCIEDAD ESPAÑOLA DE GENETICA (37) (37.2009.TORREMOLINOS,MALAGA). TORREMOLINOS,MALAGA. 2009